La historia comienza con la narración de Naito Hiroki, un ex rescatista, recuerda haber encontrado al huérfano Tamotsu Sato en las ruinas de Tokio después del primer ataque de Godzilla a la ciudad.
Le dice a su entrevistador, el reportero Benjamin Sacks, que considera que salvar a Sato es similar a salvar el mundo, creyendo que las máquinas que Sato inventó impidieron que Godzilla y los otros kaiju exterminaran a la humanidad.
Sacks llama a su editor después de que concluye la entrevista, reacio a escribir el artículo deseado y sintiendo que falta algo en la percepción pública de Sato... Un prodigio científico, gran parte de su vida tras su reclutamiento por el ejército es clasificada.
Su única pista prometedora es el cabo Kenshin, el copiloto de Sato a bordo del Super X, la primera de sus máquinas en desafiar a Godzilla.
Sus misiles de cadmio hicieron tambalear al monstruo, pero cuando desplegó su escudo de energía en anticipación de su aliento atómico, saltó en el aire para golpearlo y destruirlo.
Sato rescató a Kenshin de los restos de la nave. Ya no podía usar sus piernas, Kenshin sólo podía ver el siguiente invento de Sato desafiar a Godzilla en la televisión.
Primero tomó la forma de una réplica del Rey Monstruo, pero cuando lo bañó en aliento atómico, su disfraz se quemó para revelar una máquina reluciente: Mechagodzilla.
El robot golpeó a Godzilla primero, pero rápidamente lo dominó y lo decapitó.
Kenshin cree que la batalla ayudó a retrasar el siguiente ataque de Godzilla y se burla cuando Sacks sugiere que la construcción de Mechagodzilla provocó a Godzilla. Todos los kaiju, sostiene, no tienen otro objetivo que la destrucción de la humanidad.
Sacks regresa a casa y encuentra a un hombre misterioso, Kichiro, esperando adentro. Promete decirle la verdad sobre Sato.
Aunque hizo pasar el Mechagodzilla original como su invención, Sato no tuvo nada que ver con su construcción. Después de su batalla con Godzilla, su equipo recuperó un dispositivo del interior de su cabeza que contenía escritura en un idioma alienígena.
Sato concluyó que los extraterrestres en cuestión veían a Godzilla y los otros kaiju como las principales amenazas a su conquista de la Tierra, lo que significa que, por el momento, compartían un objetivo común.
Exigió absoluto secreto a su equipo mientras aprovechaba su tecnología avanzada. Reconstruyó repetidamente versiones más avanzadas de Mechagodzilla en los años siguientes, pero Godzilla aún triunfó sobre ellas cada vez que chocaron.
Colocar un sucesor de Super X, el Garuda, en su espalda, parecía permitir que el mech finalmente prevaleciera, interrumpiendo una batalla entre Godzilla y Rodan con una ráfaga de láseres y golpes físicos.
Pero Sato no esperaba que Rodan acudiera en ayuda de Godzilla, y los dos kaiju ganaron el día y luego abandonaron la ciudad pacíficamente.
Sacks, esposado, finalmente se encuentra cara a cara con un sonriente Sato.
Explica que, contrariamente a lo que creía Kichiro, estuvo involucrado en la construcción del Mechagodzilla original, construyéndolo con la ayuda de los extraterrestres.
Acepta su gobierno de la Tierra como inevitable y considera que trabajar con ellos facilita una invasión menos violenta.
Admite que hasta ahora no ha podido derrotar a Godzilla, pero su nueva creación, Mechagodzilla Kiryu, cambiará eso. Posee una gema en la frente para
convertir el odio colectivo de la humanidad hacia los kaiju en poder
puro, y planea usar las entrevistas de Sacks para ayudar a pulir aún más su imagen como salvador de la humanidad.
Hace debutar a Kiryu en Tokio ante una multitud que lo adora, llega al reconstruido Garuda y los provoca en un frenesí.
Como lo prometio, Godzilla pronto emerge para desafiar a Kiryu, pero se ve superado por el robot impulsado por el odio.
Al observar la batalla, Sacks persuade a sus captores para que lo dejen ir, diciendo que Sato ha decidido unilateralmente que la libertad de la humanidad es un precio aceptable a pagar por exigir venganza contra el monstruo que lo dejó huérfano.
Interviene en la transmisión de Sato, reproduce su entrevista con Kichiro y pone a la opinión pública en su contra.
Kiryu falla, lo que le permite a Godzilla darle un golpe asombroso y destruirlo con una ráfaga de aliento atómico.
Sin embargo, de los restos surge otro de los Mechagodzillas de los extraterrestres, aparentemente el núcleo del diseño de Sato.
Impacientes con los fracasos de Sato, los extraterrestres hacen que Mechagodzilla haga llover láseres oculares sobre los civiles hasta que Godzilla se interpone entre ellos y soporta sus ataques.
Sato se sorprende por el comportamiento de Godzilla y se da cuenta de que se ha equivocado con el monstruo. Reconociendo que aunque se llevó a su familia, le perdonó la vida, lleva el Garuda a Mechagodzilla, destruyéndolos a ambos.
Sacks informa sobre las consecuencias de la batalla: el Mechagodzilla de los extraterrestres está bajo fuerte vigilancia, los asociados de Sato enfrentan un juicio y el legado del científico ahora está en ruinas. Sin embargo, la humanidad puede consolarse con la voluntad de Godzilla de protegerlos de amenazas tanto terrestres como extraterrestres.
Y es así como termina la historia conmemorativa al 50 Aniversario Mechagodzilla, donde se nos relata el origen tal como lo vimos en las dos primeras películas, donde pudimos ver porque tiene el puesto numero 15 como los mejores robots en el séptimo arte.